我国燃料乙醇行业相对巴西、美国等国发展较晚，起步仅仅十年。我国在建设燃料乙醇项目之初，一方面考虑国际原油价格高涨，资源日渐枯竭，急需找到替代能源；另一方面也是出于消化陈化粮的考虑，建设了四家总产能为102万吨的示范乙醇企业，并把有计划、有步骤地进行醇类替代汽油列入了“十一五”发展纲要。
目前，在国内五家燃料乙醇生产企业中，有四家主要以玉米为原料，进行燃料乙醇生产。也正是因为这个原因，我国燃料乙醇行业饱受诟病，备受争议。
近年来，粮食价格不断上涨，确保粮食安全、叫停玉米制乙醇项目的呼声越来越高涨，甚至有专家上书发改委建言叫停项目；国家优惠政策逐渐收拢，企业处于市场化前的阵痛期。这就是我国燃料乙醇的生存现状。这个从诞生开始就伴随着争议的行业，正面临前所未有的挑战，负重前行。
事实上，认为燃料乙醇行业威胁粮食安全实在缺乏依据。如果按照3.3吨玉米生产1吨燃料乙醇来推算，我国四家燃料乙醇企业全年消耗玉米不超过500万吨，而我国粮食产量仅玉米就超过1.9亿吨，可见燃料乙醇消耗玉米量不足3%。显然把威胁粮食的安全帽子扣给燃料乙醇行业，既不成立也有失公允。
在通货通胀的大背景下，首先是农产品上涨。粮食涨价与燃料乙醇行业并没有因果关系，舆论误导并放大了燃料乙醇对粮食安全的影响。这种呼声有愈演愈烈的趋势，导致整个燃料乙醇行业信心不足。燃料乙醇这颗“子弹”能飞多久，业内人士均很迷茫。
燃料乙醇行业还面临另一个生存压力，就是逐步收缩补贴等政策。从补贴的逐年下降，到消费税等优惠政策逐步减少，对燃料乙醇企业传达了一个明确的信号：取消财税等优惠政策已经成为趋势。
世界燃料乙醇起步最早的巴西，是世界上最大的燃料乙醇生产国和消费国。随着技术不断进步，巴西生产的燃料乙醇成本不断下降，原料及成本优势全球无可比拟。美国燃料乙醇和国内类似，也是以玉米为原料，每年用于生产燃料的玉米占总产量的16%至17%，企业多依靠政府补贴生存。
为了支持燃料乙醇行业健康发展，是效仿美国做法，给予这四家燃料乙醇企业一定的补贴，根据燃料销售量、汽油价格以及企业运行情况来定补贴标准。为此，国家每年要拿出20多亿元用于补贴。但随着我国乙醇汽油推广范围的扩大和乙醇汽油消耗的增长，国家对乙醇的补贴负担增加，根据相关政策，在未来的几年里，对乙醇生产的补贴会逐年递减，大有取消的可能。
目前，我国的四家燃料乙醇生产基地每生产1吨燃料乙醇，综合成本在7000元以上，随着原料、煤、电的价格上涨，燃料乙醇的成本还会上升。这个成本比美国高出17%；中国生产1吨乙醇需要消耗12吨水，而美国只要1.8吨水；中国需要3吨以上的玉米生产1吨乙醇，而美国只需要2.8吨。
同时，我国成品油市场变化也增加了燃料乙醇的不确定性。只有当成品油价格高出生产综合成本，这个行业才能生存下去，否则离开国家的扶持，该行业将无法维系。
2008年，中粮集团在广西用木薯制乙醇获成功，成为我国第二代燃料乙醇。分为干法和湿法两条工艺，收购鲜木薯时采用湿法工艺，使用干木薯时采用干法工艺。虽然木薯制乙醇开辟了“非粮乙醇”的先河，但存在制约的瓶颈：一是我国适应种植木薯的地域不多，企业所需部分木薯要从国外进口，削弱了对我国农业的推动作用。目前，木薯价格快速增长，达到甚至超过玉米价格，涨价的利益大多数进了国外种植户手中。二是制造成本高于玉米，在资源利用和循环经济上远不如玉米制乙醇，这也是造成木薯为原料制乙醇成本居高不下原因之一。三是生产污水量大、COD较高且不易处理，每吨污水处理成本超过20元，年污水处理费用高达4000多万元。
虽然如此，木薯制乙醇迈出“非粮研发”的可喜一步。目前，很多企业和研究机构都涉足该领域，纷纷加大投入，希望能早日攻克成本难题，抢占科技制高点，为我国化石能源替代开辟更多的途径。这个过程也许很漫长，但一定会到来。
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